Трансформация web.config'а может не работать, если в нем есть секция nhibernate. Далее я расскажу как починить эту проблемку
...читать далее "Трансформация web.config & NHibernate"
Трансформация web.config & NHibernate
Трансформация web.config'а может не работать, если в нем есть секция nhibernate